Nell’antichità essa fu rifugio per coloro che solcavano il Mare nostrum: è certo che i Romani la utilizzarono durante le guerre puniche come base, e le loro vestigia rimangono nelle 150 cisterne costruite per raccogliere l’acqua piovana; inoltre, i fondali del mare circostante sono pieni del contenuto di navi dell’epoca, che nel corso dei secoli vi hanno fatto naufragio. Alle dominazioni cartaginese e romana, susseguirono quella arabo-saracena, quella normanna e quindi quella angioina e poi aragonese. Dopo quest’ultimo periodo storico, l’isola rimase disabitata e servì come porto di fortuna della pirateria mediterranea.

Nel 1555 una parte della flotta di Carlo V di ritorno dalla vittoria di Tunisia contro i turchi, fu sorpresa da una forte tempesta e alcune navi naufragarono sugli scogli di Linosa.

Nel 1630 il re di Spagna concesse alla famiglia dei Tomasi il titolo di principi di Lampedusa e dunque il dominio su Linosa. Nel 1776 uno dei principi Tomasi consigliò al re di Napoli di vendere le isole agli inglesi, che si mostravano molto interessati al loro valore strategico, ma il re non lo concesse e le comprò lui stesso dal principe.
Nel 1843 Ferdinando II di Borbone, re delle Due Sicilie, diede incarico al cavaliere Bernardo Maria Sanvinsente, capitano di fregata, di colonizzare le isole. Ciò avvenne il 22 settembre 1843 a Lampedusa. Per Linosa si attenderà il 25 aprile 1845, quando un primo nucleo di trenta persone, composto da alcune famiglie.