Trisnipote di un ingegnere asburgico trasferitosi dal Friuli, ora in Italia, alla Polonia per sovrintendere alla costruzione di ferrovie, Zanussi incominciò gli studi di fisica all’Università di Varsavia, ma nel 1959 si iscrisse a filosofia all’Università di Cracovia.

Intanto cominciò a occuparsi di cinema nei cineclub universitari e realizzò undici cortometraggi, dieci dei quali furono premiati.

Uno di questi cortometraggi, Tramwaj do nieba (t.l. Tram verso il cielo), fu notato da Andrzej Munk, che spinse Zanussi a iscriversi alla Scuola di Cinema di Łódź. Diplomatosi in questa scuola nel 1966, vi è rimasto successivamente come docente.

Ha vinto il Festival di Venezia nel 1984 con il film L’anno del sole quieto ed è membro del Pontificio consiglio della cultura.

Nel 1985, in occasione della XXXIX edizione della festa del teatro di San Miniato, dirige il dramma sacro “Giobbe”, opera dell’allora Pontefice Karol Wojtyła.

Direttore del Polish Film Studio TOR, è professore di cinema alla European Graduate School di Saas-Fee in Svizzera dove tiene un corso estivo ed è professore alla Università della Slesia a Katowice.

È stato tra i fondatori dell’European Film Academy presieduta da Wim Wenders e ha promosso la rete europea dei festival cinematografici interreligiosi costituita dal Sacrofilm di Zamość in Polonia, le Giornate di cinema e riconciliazione di Notre Dame de La Salette in Francia, il Popoli e Religioni – Terni Film Festival in Italia.

È sposato con Elżbietą Grocholską-Zanussi, parente del giornalista e politico Gawronski.