Botto ha iniziato a recitare all’età di cinque anni nel film Juego de poder. Il suo ruolo nel film del 1999 Sobreviviré, su una donna che si innamora di un uomo che, a lei sconosciuto, è omosessuale, gli ha dato molti riconoscimenti nazionali ed internazionali.

Botto è apparso sul palcoscenico spagnolo in numerosi spettacoli acclamati dalla critica. Ha anche diretto uno spettacolo chiamato El privilegio de ser perro, sulla dura vita a cui gli immigrati sono sottoposti mentre cercano di immigrare e vivere in un nuovo paese.

Ad appena 7 anni, nel 1982, iniziò la sua carriera di attore, lavorando in molti film spagnoli; ha anche recitato nel 1992 nel film 1492 – La conquista del paradiso. In Italia è conosciuto nel ruolo di Felipe, l’assistente muto di don Diego de la Vega/Zorro nel telefilm “Zorro” degli anni 1990-1993.

Botto è protagonista della serie televisiva TNT Good Behavior, in cui interpreta Javier, un affascinante sicario con un codice morale.

Nel 2021 ha preso parte al film di supereroi The Suicide Squad – Missione suicida di James Gunn, interpretando il ruolo del dittatore Luna, antagonista della prima parte del film.

È compagno della giornalista Olga Rodríguez.

Figlio dell’attrice Cristina Rota e dell’attore Diego Botto, suo padre fu ucciso dal governo militare dell’Argentina, durante la Guerra sporca.